استقلال در دهه سوم اردیبهشت 1398 روزهای پرتلاطمی را پشت سر گذاشت زیرا بازیکنان در اعتراض به عدم دریافت به موقع مطالبات خود از تمرین خودداری کردند و دست به اعتصاب زدند. در آن زمان از مجتبی جباری به عنوان رهبر اصلی بازیگران اعتصابی یاد می شد و همین موضوع اعتراض شدید علی فتح الله زاده را برانگیخت.
مدیرعامل وقت استقلال در مصاحبه ای که در تاریخ 3 اردیبهشت 91 در خبروشی منتشر شد، از مجتبی جباری انتقاد کرد و گفت: جباری تمرین را از دست داد در حالی که امسال همه پولش را گرفتیم و درخواست سال قبل را هم به او دادیم. . تنها 170 میلیون تومان از ایام واعظ آشتیانی باقی مانده که هنوز آن را پرداخت نکرده ایم. باشگاه لیل فقط باید او را تنها بگذارد، او می تواند تصمیمی را که می خواهد بگیرد، اما استقلال هم این بار او را جریمه می کند. مجتبی را این بار برای تصمیم گیری به کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال معرفی می کنیم. صبرم لبریز شد! جباری دلیل تعطیلی این شرکت بود و به دلیل دردسرهایی که ایجاد کرد، باید چند سالی تعلیق شود. این بار شکست نخواهیم خورد. از توپ تا مربی از دست او در امان نیستند!
واقعیت این است که ماجرای مجتبی جباری با استقلال خیلی سریع حل شد و او فصل بعد آبی پوش شد و با استقلال قهرمان لیگ اول شد.
