جواد نکونام در بهار 1394 آخرین روزهای فوتبال خود را در قطر سپری کرد و البته از جستجوی شرایط استقلال غافل نشد.
کاپیتان سابق تیم ملی پنجم اردیبهشت 95 در گفت و گو با خبروشی ضمن ابراز ناراحتی از شکست سنگین استقلال مقابل پرسپولیس در دربی پایتخت از گلایه جمعی از هواداران این تیم مبنی بر عدم حضورش در استقلال و قدرت رهبری آن برای حل مشکلات آبی پوشان در صورت ماندن در استقلال. وی تاکید کرد و گفت: استقلال را خیلی دوست داشتم و هنوز هم دوست دارم. باور کنید هیچ وقت فکر نمی کردم استقلال اینطور دربی را ببازد و خیلی ناراحت شدم. هواداران آبی همیشه با من مهربان هستند، اما باید توضیح دهم که گاهی همه چیز دست ما نیست. دوست دارم استقلالی بمانم، اما برخی مسائل خارج از کنترل ماست. من استقلال را دوست داشتم و به خاطر این تیم بازی در لالیگا را رها کردم. البته همه استقلالی های عزیز باید بدانند که این تیم با جواد نکونام یا بدون جواد نکونام همچنان عالی است.