حضور نعمتی در پرسپولیس مصادف با دوران طلایی این تیم بود تا این بازیکن جزو پرافتخارترین بازیکنان پرسپولیس باشد. نعمتی در 5 قهرمانی از 6 قهرمانی متوالی پرسپولیس با این تیم بود تا پس از موفقیت نیا پرافتخارترین بازیکن پرسپولیس در لیگ برتر باشد.
مطالب مرتبط: حضورم در پرسپولیس تمام شد/ به من گفتند تیم جدیدی انتخاب کنم
سیامک نعمتی که در تعطیلات نیم فصل فصل قبل در لیست مازاد پرسپولیس قرار داشت با شروع فصل جدید از این تیم جدا شد. نعمتی با 174 بازی برای پرسپولیس یکی از باتجربه ترین بازیکنان این تیم محسوب می شد. او 17 گل برای پرسپولیس زد، 12 پاس گل داد و 5 پنالتی زد.
نعمتی در پرسپولیس 5 بار قهرمان سوپرجام شد، دو بار قهرمان جام حذفی شد و دو بار به فینال لیگ قهرمانان آسیا رسید تا روزهای فراموش نشدنی را در این تیم سپری کند. نعمتی در پرسپولیس با 3 مربی کار می کرد که بیشتر آنها زیر نظر یحیی گل محمدی بازی می کردند. جلال حسینی نیز 124 بازی با نعمتی انجام داده است و نعمتی بیش از هر بازیکن دیگری با سیدجلال بازی کرده است.