علیرضا منصوریان که در تابستان 95 با حمایت تعداد زیادی از هواداران استقلال هدایت این تیم را برعهده گرفت، در نیم فصل اول لیگ شانزدهم عملکرد خوبی نداشت و حتی شایعاتی مبنی بر جدایی او به گوش می رسید اما همه چیز در دور دوم تغییر کرد. و استقلال هم که به دلیل بسته شدن اجباری پنجره نقل و انتقالاتش مجبور شد روی بازیکنان جوان تمرکز کند، آنقدر خوب بازی کرد که به نایب قهرمانی رسید و البته دربی برگشت را به نفع خودش تمام کرد.
در 3 بهمن 1393، استقلال و پرسپولیس در حالی به مصاف هم رفتند که قرمزها روی کاغذ بهتر بودند. آنها در همان اوایل بازی توسط سروش رفیعی گل پیروزی را به ثمر رساندند اما استقلال با گل های علی قربانی، فرشید اسماعیلی و کاوه رضایی در نیمه اول با نتیجه 3-1 پرسپولیس را شوکه کرد. در نیمه دوم استقلال به عقب رفت و نتیجه فقط در دقایق تلف شده تغییر کرد اما سیدجلال حسینی موفق شد گل دوم پرسپولیس را به ثمر برساند و بلافاصله پس از این گل درگیری بین او و سید مهدی رحمتی درگرفت. سوال داغ شد و موضوع به جنجال کشیده شد اما علیرضا فغانی داور مسابقه توانست جو را آرام کند. سرانجام سوت پایان به صدا درآمد و استقلال با نتیجه 3 بر 2 از سد پرسپولیس گذشت تا در آن زمان به پیروزی ارزشمند و تاریخی دست یابد.
البته این برد به دلیل درگیری با جلال حسینی باعث محرومیت مهدی رحمتی شد. 24 ساعت پس از پایان این دیدار، هواداران استقلال که به دلیل پیروزی مقابل پرسپولیس همدیگر را نمی شناختند، در تمرین آبی ها حاضر شدند و با تداعی کننده پیروزی های متعدد منصوریان مقابل برانکو ایوانکوویچ، شعار دادند: ننگ منصوریان، برانکو را رها کن!
علیرضا منصوریان در زمان سرمربیگری نفت تهران هم با برونکو پرسپولیس را شکست داد.