رابطه خوب استانکو و عابدینی در خرداد 1354 پس از چندین سال سرانجام به تاریکی تبدیل شد تا اینکه روزنامه آینه این مطلب از امیر عابدینی را با عنوان: استانکو به مشکل خورده منتشر کرد.
عبارتی که بعداً با اظهارات غیررسمی استانکو که در آن از دخالت عابدینی گلایه داشت، کالبدشکافی شد. دخالت هایی که بعدها بارها در تیم های تحت هدایت عابدینی دیده شد و خود عابدینی نیز در مصاحبه های مختلف در تیم های تحت هدایت خود به آن اشاره کرد.
پس از جدایی استانکو، پرسپولیس راهی درخشان شد و درخشان پس از مدت کوتاهی با پیروزی درخشان 3 بر صفر مقابل استقلال در تیرماه 76، جای او را گرفت.
رابطه امیر عابدینی با استانکو پوکلپوویچ به قدری خوب و صمیمی بود که عابدینی در مدت کوتاهی که ریاست فدراسیون فوتبال را برعهده داشت استانکو را به عنوان سرمربی ایران منصوب کرد، هرچند استانکو در آن زمان علیرغم فوتبال خوبی که تیم تحت هدایت او ارائه می کرد. در تیم ملی موفق نشد و با تیم ملی ایران از بازی های آسیایی 1994 کنار رفت تا ازبکستان قهرمان این رقابت ها شود.
این شاید تنها نقطه سیاه استانکو در فوتبال ایران بود، ایران در آن سال ها و در 4 دوره این رقابت ها که از سال 1990 تا 2002 به همراه پروین، پورحیدری و برانکو برگزار شد، به مقام قهرمانی بازی های آسیایی رسید و تنها قهرمان جام ازبکستان در سال 1994 شد. در زمان سرمربی استانکو داد