این مربی برخلاف لیگ هفدهم که حضور وینیفرد شفر مایه موفقیت استقلال و کسب نتایج مطلوب بود، در فصل هجدهم لیگ برتر نتوانست انتظارات استقلالی ها را برآورده کند.
در پاییز 2017 استقلال از جام حذفی کنار رفت، دربی دور برگشت لیگ هجدهم را در دیداری جنجالی به پرسپولیس واگذار کرد و شروع امیدوارکننده ای برای فصل 2019 لیگ قهرمانان آسیا نداشت. از این رو اعضای کادر مدیریتی و جمعی از هواداران استقلالی خود سرمربی آلمانی راضی نبودند.
آبی پوشان پایتخت در مواجهه با چنین شرایطی برای مقابله با پدیده راهی مشهد شدند. استقلالی ها این دیدار را به میزبان خود واگذار کردند و ساعاتی پس از این شکست، جلسه فوق العاده جمعی از سران باشگاه استقلال در مشهد آغاز شد و در نهایت مقرر شد وینفرد شفر برکنار شود! این اتفاق در 18 اردیبهشت 1397 رخ داد و بلافاصله پس از آن فرهاد مجیدی برای اولین بار در زندگی خود سرمربیگری استقلال را بر عهده گرفت.
شفر بعداً در مصاحبه ای درباره ساعات منتهی به برکناری خود گفت: مدیران باشگاه جلسه ای برگزار کردند و با تعدادی از همکاران خود در تهران تلفنی صحبت کردند. نتیجه آن تغییر سرمربی بود و موضوع را به من اطلاع دادند. به هر حال چنین اتفاقاتی در دنیای فوتبال رخ می دهد. وقتی می خواستیم به تهران پرواز کنیم، همه در یک هواپیما بودیم، اما در فرودگاه شنیدم که فرهاد مجیدی را به عنوان سرمربی استقلال، همان جا در مشهد اعلام کرده اند. این برای من هم مشکلی نداشت چون مدیریت باشگاه حق دارد نیمکت تیمش را تعیین کند اما بعد از ورودم به تهران اتفاق تلخی برایم افتاد. حقوقم را نگرفته بودم و منتظر بودم که فریلنسرها حقوقم را بدهند اما نگرفتند. علاوه بر من، دستیارانم و پسرم نیز به باشگاه بدهکار بودند، اما با این وجود ترجیح دادم با آنها به تمرین استقلال بیایم و با شاگردانم خداحافظی کنم. بعد از خداحافظی و بستن دوستانه پرونده ام با استقلال می خواستم به آلمان برگردم اما حتی اجازه ندادند با شاگردانم خداحافظی کنم و وقتی به مجموعه تمرین استقلال رفتم گفتند تو نیستی. اجازه ورود ندارد! این رفتار واقعاً من را عصبانی کرد و قلبم را شکست!
شفر حدود دو ماه پس از فسخ قراردادش از استقلال شکایت کرد و در سال 2019 تمامی مطالبات و همچنین غرامت خود را بدون یک دلار کاهش برای استقلال دریافت کرد.